Etude de comparaison chimiotaxonomique (à la base de coefficient de Jaccard) et moléculaire du genre Actinoalloteichus

Abstract

Une étude chimiotaxonomique (à la base du coefficient de Jaccard), et moléculaire, a été réalisée sur 6 espèces d’actinobactéries appartiennent au genre Actinoalloteichus (A. cyanogriseus, A. spitiensis, A. hymeniacidonis, A. nanshanensis, A. hoggarensis et A. fjordicus).

L’objectif de cette étude est de déduire les distances évolutives entre les espèces désignées, grâce à une approche chimiotaxonomique d’une part, et moléculaire d’autre part, une comparaison entre les deux études aura lieu, et permet principalement de déterminer parmi les espèces étudiées l’espèce la plus proche à Actinoalloteichus hoggarensis, c’est celle qui partage avec cette dernière le degré le plus élevé de similarité.

L’analyse a été réalisée par l’utilisation d’un indice statistique de Jaccard, en exploitant les données issues d’une analyse chimique de la composition cellulaire des espèces lors de l’étude chimiotaxonomique et à l’aide des logiciels spécialisés, lors de l’étude moléculaire, reposant sur des algorithmes de la bioinformatique capables d’effectuer des alignements des séquences nucléotidiques afin de mettre en évidence les ressemblances entre les espèces.

Les résultats obtenus par les deux études montrent que l’espèce A. fjordicus est l’espèce la plus proche à A. hoggarensis. Ce qui assure que l’étude chimiotaxonomique n’est pas en contradiction avec l’étude moléculaire mais elle l’a renforcée. A chemotaxonomic (based on Jaccard's coefficient) and molecular study was carried out on 6 species of Actinobacteria belonging to the genus of Actinoalloteichus (A. cyanogriseus, A. spitiensis, A. hymeniacidonis, A. nanshanensis, A. hoggarensis and A. fjordicus).

The objective of this study is to deduce the evolutionary distances between the designated species by using a chemotaxonomic approach on the one hand, and a molecular approach on the other hand, a comparison between the both studies were carried out, and mainly allows to determine among the species studied the closest species to Actinoalloteichus hoggarensis, it is the one which shares with the latter the highest degree of similarity.

The analysis was carried out by using the Jaccard statistical index calculated manually, using the data obtained from the chemical analysis of the cellular composition of the species during the chemotaxonomic study and using specialized software with the molecular study was based on algorithms of bioinformatics able to carry out alignments of the nucleotide sequences in order to highlight the similarities between the species.

The results obtained from both studies showd that A. fjordicus is the closest species to A. hoggarensis. This ensures that the chemotaxonomic study does not constrain with the molecular study but it did strengthen it.